Ilja Jaszyn, lider ruchu Solidarność i bliski przyjaciel Borysa Niemcowa, uważa, że spekulacje o zabiciu opozycjonisty przez islamistów nie mają sensu. W jego ocenie są wygodne dla Kremla, gdyż odwracają uwagę od oskarżeń o to zabójstwo wysuwanych pod adresem władz Rosji.
Informacje o islamistycznym śladzie nasiliły się, gdy sąd nakazał aresztowanie w związku z tą zbrodnią pięć osób z Kaukazu Północnego. Jeden z nich, Zaur Dadajew, służący w siłach specjalnych czeczeńskiego MSW, przyznał się do udziału w zabójstwie.